东南大学创建于1902年的三江师范学堂，1905年学校把体操列入课程之一；1915年著名教育家江谦校长提倡德、智、体三育并重，他认为“学生用脑过多，非教育之幸”，“教育事业是精神事业，有赖完全强健的躯干作基础，否则学科程度纵有可观，而孱弱的肢体不足以发展其文明的思想，而于应尽之义务，亦不能收到良好之效果，这种看不见的损失，对教育事业及其前途影响甚巨。”在他的倡导下，不论何系科学生，体育列为必修课，学生晨起后，一律做米勒氏呼吸操，创全国之先河。1916年开设体育师资科，率先为全国培养体育师资，为社会培养了一大批体育英才，如吴蕴瑞、夏翔、徐镳等著名体育教育家。1923年成立体育系，直至1952年院系专业调整，才停招体育专业学生，原上海华东体育学院（现上海体育大学）就是以我校体育系为主体建立的。
新中国成立后，体育系认真贯彻德、智、体全面发展的教育方针，锐意改革，大力开展群众体育活动，把增强学生体质作为首要任务。1954年作为全国高校“劳卫制”试点校取得了可喜成绩。1979年5月，教育部、国家体委、卫生部、共青团中央在扬州召开的全国学校体育工作会议上，我校被表彰为“体育卫生工作先进集体”；1981年6月，教育部委托江苏省高教局在我校召开全国高校体育工作现场会，推广和发扬“三个为主”的典型经验。1983年我校群众体育工作荣获第五届全国运动会群众体育先进单位，1988年体育系受到江苏省人民政府嘉奖，1989年体育课程获国家级教学成果奖。
2000年4月，东南大学与南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入。体育系现有教职工75人，专职教师70人，教授2人、副教授和高级教练38人，其中有博士学位教师8人；体育运动裁判国际级7人、国家级11人。
近年来，学校体育取得了丰硕成果，体育学科建设已从单一的大学公共体育教学，发展成为已有《体育教育训练学》和《体育人文社会学》两个硕士点的体育学科；大学公共体育课程自两次评为江苏省高校一类优秀课程后，于2005年评为国家级精品课程，2007年获得江苏省教学成果一等奖； 群体体育连续获全国群众体育工作先进单位荣誉，是全国唯一连续十次获此殊荣的学校；学校运动队在全国学生运动会上，连续八次荣获“校长杯”突出贡献奖。2024年获得“第31届世界大学生夏季运动会先进集体”表彰。
东南大学体育系将秉承学校体育的优良传承，以体育科学研究为先导，以体育教学和群众体育为两翼，全面推进以“面向全体大学生”和“放眼世界大运会”为目标的学校体育战略，以提高适应未来挑战的学生身心素质为抓手，以创建文明、健康、积极向上的体育文化构建和谐校园为契机，构筑以学科建设、队伍管理、场地建设等为支撑的全方位、立体化的学校体育工作体系，全面提升学校体育在培养创新人才中的作用。
